Laboratorium Kesehatan Kabupaten Magelang adalah salah satu Unit Pelaksana Teknis Daerah Dinas Kesehatan Kabupaten Magelang. UPTD Laboratorium Kesehatan merupakan laboratorium yang melaksanakan pelayanan pemeriksaan di bidang laboratorium dan atau bidang lain yang berkaitan dengan kepentingan kesehatan masyarakat dan kesehatan lingkungan terutama untuk menunjang pencegahan penyakit dan peningkatan kesehatan masyarakat.

UPTD Laboratorium Kesehatan Kabupaten Magelang dibentuk dari pengembangan Laboratorium Kesehatan Masyarakat yang semula berada di bawah bidang P2PL dengan layanan pemeriksaan kualitas air seperti MPN Coliform dan E. coli. Pada 1 April 2001, laboratorium ini resmi menjadi unit kerja Dinas Kesehatan Kabupaten Magelang berdasarkan Perda No. 20 Tahun 2000 dan SK Bupati No. 183.4/77/31/2001 berlokasi di Jl. Letnan Tukiyat No. 47 Kota Mungkid. Pada 2012–2016, laboratorium berpindah ke Tanjung Kalinegoro. Pada Februari 2013, unit klinis pindah di salah satu ruang di Puskesmas Kota Mungkid yang beralamat di Jl. Soekarno-Hatta No. 47. Selanjutnya, pada April 2016 hingga Februari 2022, laboratorium beroperasi di gedung bekas Puskesmas Kota Mungkid di Deyangan. Maret 2022 hingga sekarang, UPTD Laboratorium Kesehatan menempati gedung baru di Jl. Soekarno-Hatta, Lingkungan Patran, Sawitan, Kota Mungkid.

Jenis pelayanan di UPTD Laboratorium Kesehatan Kabupaten magelang meliputi pemeriksaan Kesehatan Masyarakat dan Pemeriksaaan laboratorium klinik. Pemeriksaan kesehatan masyarakat seperti pemeriksaan air bersih, air minum, air limbah, dan makanan. Pemeriksaan laboratorium klinik seperti pemeriksaan darah, urinalisa, feses dan tes narkoba.